منشأ این عفونت‌ها و جایی که این عفونت‌ها از آن ریشه می‌گیرند، مهم‌ترین و بارزترین وجه تمایز بین این دو بیماری است. (منشا بیماری کلامیدیا باکتری کلامیدیا تراکوماتیس و منشا بیماری سوزاک باکتری گنوکوک یا نایسریا گونوره آ است.)
کلامیدیا (کلامیدیا تراکوماتیس) می‌تواند در مجرای ادراری یا رکتوم زن و مرد و در مهبل یا دهانه رحم زنان دیده شود. اگرچه سوزاک (Neisseria gonorrhoeae) هم در مجرای ادراری یا رکتوم زن یا مرد یافت می‌شود، اما همچنین می‌تواند مقعد، دهان و حتی لوله‌های فالوپ زنان را نیز آلوده کند.

ترشح زردرنگ با بویی قوی از ناحیه واژن برای خانم‌ها و یک ترشح تیره یا روشن از دهانه مجرای ادرار در آلت تناسلی مردانه از نشانه‌ها و علایم کلامیدیاست. هم زن و هم مرد مبتلا شده به کلامیدیا در هنگام ادرار کردن سوزشی را احساس می‌کند و سوزش ادرار یکی از بارزترین علائمی است که برای این بیماری شناخته می‌شود.

علائمی که در این بیماری کمتر رایج هستند، برای خانم‌ها شامل دوره‌های قاعدگی دردناک، خونریزی بین دوره‌ها، درد‌های شکمی، درد هنگام رابطه جنسی یا تب است. برای آقایان نیز این نشانه‌ها می‌تواند شامل بیض