کیست های شکلاتی کیست های غیر سرطانی هستند که غالبا پر از مایع بوده و عموما در داخل تخمدان ها رشد می کنند. آنها نام خود را از ظاهر قهوه ای و قیر مانندشان می گیرند که شبیه به شکلات ذوب شده است.معمولا به این کیستها اندومتروز تخمدان نیز می گویند. این کیست ها به دلیل انباشته شدن خون قاعدگی و بافت های قدیمی تخمدان که حفره های کیست را پر می کنند به این رنگ در می آیند. کیست های شکلاتی می توانند در درون یکی از تخمدان ها یا هر دو و به صورت تکی و یا چند تایی رشد کند.
بنیاد اندومتروز امریکا تخمین زده است که