برخی از عوارض جانبی و محدودیت‌های مصرف این عرق گیاهی عبارتند از:
عرق شنبلیله قند خون را کاهش می‌دهد و با دارو‌های دیابت تداخل دارد، بنابراین افراد دیابتی باید قبل از مصرف این عرق گیاهی با پزشک خود مشورت کنند.
عرق شنبلیله طبع گرمی دارد و مصرف آن به افراد گرم مزاج توصیه نمی‌شود.
افرادی که به بادام زمینی حساسیت دارند، معمولا به این عرق گیاهی هم حساسیت دارند. این افراد بهتر است با احتیاط بیشتری عرق شنبلیله را مصرف کنند.
شنبلیله انقباضات رحم را افزایش می‌دهد، بنابراین مصرف عرق شنبلیله در دوران باردار