فیستول با عفونت همراه است و گاها بیماران شاهد ترشح چرک هستند، بنابراین استفاده از دارو و روش‌های خانگی تأثیر چندانی در درمان فیستول نخواهد داشت. راهی که معمولا برای از بین بردن عفونت و مجرای ایجاد شده در این بیماری توسط پزشک پیشنهاد می‌شود، عمل فیستول است.

یکی از پرکاربردترین روش های جراحی فیستول است که بعد از شناسایی نوع این عارضه، جراح اقدام به برداشت بافت بیماری و همچنین تخلیه عفونت شکل گرفته در آن می‌کند. در حقیقت محل ایجاد بیماری بطور کامل برش داده می‌شود تا کاملا تخلیه شود و برای ترمیم این زخم حدودا ۲ ماه زمان لازم است.

نکته قابل توجه در جراحی این عارضه، کاهش خطر آسیب دیدن عضلات اسفنکتر است. تخصص و دقت بالای پزشک برای پیشگیری از این آسیب، از اهمیت بالایی برخوردار است و ریسک جراحی را کاهش می‌دهد. البته برای یک جراحی موفق موارد دیگری مثل محل قرار گیری و پیچیدگی بیماری هم بسیار مهم است.

در بالا اشاره شد که مجرای ایجاد شده در فیستول معمولا از عفونت پر می‌شود. در روش استن با قرار دادن لوله تخلیه یا نخ بخیه در این حفره به مدت ۶ الی ۱۲ هفته به تخلیه عفونت و باز ماندن این مجرا کمک می کنند. ممکن است بعد از روش استن، عمل جراحی فیستول هم انجام شود. معمولا این روش برای نوع پیچیده این بیماری که بخشی از عضلات اسفنکتر را درگیر میکند کاربرد دارد.

در این روش نوعی بافت انسانی به نام پلاگین بیولوژیکی که از روده گرفته می‌شود، به مجرای داخلی ایجاد شده توسط فیستول بخیه زده می‌شود. این پلاگین باعث ترمیم و رشد بافت جدید در ناحیه بیماری شده و منجر به بهبود و درمان آن خواهد شد. میزان موفقیت عمل فیستول در این روش ۸۰% است و نیاز به بستری شدن در بیمارستان دارد. به علاوه بیمار باید ریسک عوارض احتمالی بعد از عمل را هم بپذیرد.