مهندسان اپل اعتقاد دارند که هکرها تهدید اصلی برای امنیت آیفون هستند، نه دولت.

در گیرودار دعوای حقوقی اپل با اف‌بی‌آی بر سر آیفونی که متعلق به یکی از مهاجمان حملات سن‌برناردینو بوده است، مهندسان شرکت کوپرتینو در جلسه‌ای با خبرنگاران اظهار کردند که هنگام طراحی سیستم امنیتی جدید آیفون، دولت به عنوان تهدید اصلی در نظر گرفته نمی‌شود، بلکه سیستم امنیتی آیفون با هدف دور نگه داشتن هکرها طراحی شده است.
بنا به گزارش وب‌سایت تک‌کرانچ، این مهندسان توضیحاتی راجع به ویژگی‌های منحصر به فرد کاغذ سفید امنیتی کمپانی دادند و روی حفاظت کمپانی از اطلاعات مشتریان و بعضی جلوه‌های امنیتی مثل تشخیص هویت لمسی، تصدیق صحت دو فاکتوری و کدگذاری‌های آی‌مسیج تاکید کردند.
گزارش دیگری از وب‌سایت ورج می‌گوید که مهندسان اظهار کرده‌اند شرکت اپل موثرترین سازمان امنیتی را در کل جهان دارد و در گوشی‌های آیفون خود چه در بخش نرم‌افزار و چه در سخت‌افزار، از چندین لایه امنیتی استفاده می‌کند.
در بخش نرم‌افزار، مهندسان اپل تاکید دارند که iOS مجهز به سیستم زنجیر یا قفل آغازین (boot chain) است. این نرم‌افزار پیش از شروع به کار iOS روی آیفون از معتبر بودن هویت کاربر اطمینان حاصل می‌کند. در بخش سخت‌افزار نیز گفته می‌شود که وظیفه محافظت در مرحله اول به عهده تراشه‌ای است که درون گوشی قرار می‌گیرد.
آیفون‌هایی که حافظه خواندنی آغازین یا تراشه حافظه دارند، یک کلید مخفی یا کد امنیتی دارند که تنها شرکت اپل امکان دسترسی به آن را دارد. این بدان معنی است که دستیابی به این کد برای هکرها غیرممکن است.
به علاوه، کمپانی اپل ترجیح می‌دهد که به جای خریدن تراشه‌ها از بیرون، خودش تراشه‌ها را بسازد.
آیفون مدل ۳GS و مدل‌های بعدی این لایه‌های امنیتی را خواهند داشت. همچنین گزارش می شود که کمپانی اپل تیم امنیت داخلی خود را که مسوول جنبه‌های امنیتی تولیدات هستند، نوسازی کرده است.